העובדה כי ישראל סובלת ממחסור במים מחמירה את בעיות זיהום מי השתייה. בישראל מנוצלים כל מקורות המים לרבות מי קולחין מטוהרים (לחקלאות), מים מותפלים, מים מליחים. פיתוח חקלאות ותעשיה מואץ ובלתי מבוקר דיו הביא לחילחול מזהמים למי התהום וכן הזרמת מזהמים לנחלים ולי
